В Молодёжном первенстве выступят 20 клубов: 16 молодёжных команд клубов РПЛ и 4 команды, принимавшие участие в розыгрыше Юношеской футбольной лиги-2019/20. 

В первой части турнира клубы будут поделены на две группы по 10 команд с учётом территориального принципа, они сыграют два круга каждый с каждым. В финальной части первые 5 команд из группы A сыграют с первыми 5 командами из группы Б, а последние 5 команд из группы А сыграют с последними 5 командами из группы Б. Всего в турнире будет проведено 28 туров (280 матчей).

В Молодёжном первенстве-2020/21 смогут принять участие футболисты, не являющиеся легионерами, которые родились не раньше 1 января 2002 года. В заявку на сезон также могут быть включены 5 игроков (не более 3 в заявку на матч), которые родились не раньше 1 января 2001 года. 

Также в заявку на матч клубы могут внести двух «джокеров» – футболистов без ограничений по возрасту и гражданству.  

Расписание матчей Молодёжного первенства не будет связано с матчами Тинькофф РПЛ. Календарь турнира будет опубликован позднее.