1 апреля 2006 года «Томь» выиграла третий матч подряд на старте сезона и единолично стала лидером Российской Премьер-Лиги.

Это был только второй год Томска в Лиге. В дебютном сезоне томичи дома обыгрывали «Зенит», отнимали очки у ЦСКА с «Локомотивом» и финишировали на десятом месте. Затем лучший бомбардир команды Алексей Медведев (5 голов) переехал в Самару, а на замену у «Спартака» приобрели 22-летнего Павла Погребняка. Поменялся и главный тренер: вместо Анатолия Бышовца «Томь» возглавил Валерий Петраков, который уже работал в клубе с 2001 по 2003 годы.

Томичам выпало играть матч-открытие сезона-2006 в Москве против «Торпедо». Гости забили первый гол чемпионата (автор – Александр Кульчий) и выиграли 2:1 благодаря автоголу Джордже Йокича на 88-й минуте. Во втором туре «Томь» принимала «Динамо» Юрия Сёмина, под руководством которого играли Сергей Овчинников, Дмитрий Хохлов, Алексей Смертин, Игорь Семшов и Данни, но снова победила – хватило гола Бранислава Крунича. Кстати, в 2005-м серб также забивал в игре с динамовцами, а томичи отыгрались с 0:2 и выиграли 3:2.

1 апреля «Томь» встречалась на выезде с «Шинником». Ярославцы проводили первый домашний матч в сезоне – ранее они в Москве взяли одно очко у «Динамо» (1:1) и получили пять голов от ЦСКА (1:5). Томичи ещё в первом тайме не реализовали два реальных момента: удар Крунича с 11 метров и добивание Погребняка вытащил вратарь хозяев Евгений Сафонов. Только на 75-й минуте болгарин Александр Младенов поймал голкипера на противоходе и забил со штрафного победный гол.

К тому моменту уже закончилось московское дерби в «Лужниках». ЦСКА, который тоже начал чемпионат с двух побед подряд, сыграл вничью со «Спартаком». Армейцы повели 1:0 после гола Вагнера Лава, но быстро остались в меньшинстве – Игоря Акинфеева удалили за игру рукой вне штрафной. Вышедший Владимир Габулов – это был его дебют за ЦСКА – сразу пропустил от Егора Титова. Ничья в Москве вместе с победой в Ярославле и вывела «Томь» на первое место в РПЛ. «Тут уж не до первоапрельских шуток. Все по-серьёзному», – так заканчивался репортаж о матче в программе «Футбол России» на телеканале «Спорт».

– Мы на многое не рассчитываем, – признавался Петраков в интервью газете «Спорт-Экспресс» после матча. – Пусть про нас пишут поменьше. Гнаться в этом отношении за столичными грандами нам пока тяжело. И центральный матч тура состоялся именно в Москве. А тому, что единоличным лидером стала «Томь», я особого значения не придаю. Ведь сыграно только три тура. Вот если бы оставалось три тура…

Томск был лидером Лиги неделю. 8 апреля «Томь» снова играла в «Лужниках» – уже против ЦСКА. Томичи не сдержали Жо, который сделал дубль, и не забили Габулову – поражение 0:2. Так команда Валерия Газзаева сместила соперника с первого места и на нём же завершила чемпионат. «Томь» же выполнила задачу, поставленную руководством – попала в первую восьмёрку. То восьмое место – лучший результат томского клуба за историю пребывания в РПЛ.