После завершения карьеры защитник займётся тренерской деятельностью.

Александр Анюков дебютировал в чемпионате России 14 октября 2000 года в матче «Крылья Советов» – «Зенит». В составе «Крыльев Советов» Анюков выиграл бронзовые медали в сезоне-2004. 

В 2005 году защитник перешёл в «Зенит», за который выступал до 2019 года. В составе петербургского клуба Анюков пять раз выигрывал РПЛ, дважды – Кубок России, четырежды – Суперкубок России, становился обладателем Кубка и Суперкубка УЕФА.

В этом сезоне Тинькофф РПЛ Анюков выступал за «Крылья Советов» на правах аренды, защитник провёл на поле 18 матчей.